Se encuentra situado en la Meseta Sur, limitando al norte con Arganda del Rey, al sur con Chinchón y Valdelaguna, al este con Perales de Tajuña y al oeste con San Martín de la Vega. El nombre de Morata de Tajuña puede tener su origen en que en su término había muchas moreras y morales, o bien por su terreno, que estaba muy dispuesto para ello, para el cultivo de moreras. Morata de Tajuña se encuentra situado en el curso bajo del río Tajuña, en el valle que forma la Vega de Morata de Tajuña. Este río nace en Maranchón (Guadalajara), es un subafluente del Tajo y pasa por las provincias de Madrid y Guadalajara. Las aguas del río se usan ampliamente para el riego en la amplia vega por la que discurre, a través de numerosas caceras[1] o acequias, y también para proporcionar energía hidráulica a los molinos harineros, como el de Morata de Tajuña que se ve en la imagen.