El término municipal de Zarzalejo limita al norte con el de Santa María de la Alameda y San Lorenzo del Escorial, y al sur y oeste con el de Robledo de Chavela. Tiene una extensión de 20,2 km2, a los que se suelen sumar los 0,4 km2 de la Dehesa de Navalquejigo, perteneciente históricamente a Zarzalejo, a pesar de ser más cercana a la población de Fresnedillas de la Oliva. El pueblo de Zarzalejo se encuentra a los pies de dos montañas graníticas: la Machota Alta (1.464 m), popularmente llamada el Pico del Fraile, y la Machota Baja (1.404 m), que forman parte de las estribaciones meridionales de la Sierra de Guadarrama. Dista de Madrid 58 km. Zarzalejo se reparte en dos núcleos: arriba, el pueblo antiguo, abajo, La Estación, núcleo tradicionalmente conocido como Los Pajares. El primero, estructurado en torno a la Plaza de la Constitución y la iglesia, fue el primer emplazamiento escogido por Felipe II para construir el Monasterio de El Escorial, dada la cercanía a las canteras de piedra de las laderas de las Machotas. La Estación es más reciente y en los últimos años ha tenido un crecimiento singular, con la construcción de numerosos chalés. En la carretera que une los dos núcleos se ha construido un mirador hacia el valle, antiguamente ocupado por huertos y hoy cubierto de prados en los que crecen fresnedas y melojares. Zarzalejo posee una gran vitalidad y en él se han instalado en los últimos años numerosos jóvenes, artesanos y profesionales, y un cierto número de enmigrantes especializados en la construcción. Su término forma parte del Territorio Histórico de ",El Escorial: Monasterio, Sitio y Entorno Natural y Cultural",, declarado Bien de Interés Cultural por la Comunidad de Madrid, mediante decreto 52/2006.
