La villa de Lanestosa está ubicada en el extremo más occidental del área geográfica de Las Encartaciones (por lo tanto también de la Comunidad Autónoma Vasca) y es una de las primeras villas fundadas en Vizcaya. Es el municipio de menor extensión de toda la provincia de Vizcaya, ocupando apenas 1,25 kilómetros cuadrados. Está situada en un estrecho valle dominado por fuentes pendientes que desciende de las cumbres de La Mortera y Peña del Moro y bañada por el río Calera, a una altitud media de 289 metros sobre el nivel del mar. Limita con el municipio vizcaíno de Carranza y el cántabro de Soba.