Su nombre se debe al normando Juan de Bethencourt, quien la fundó junto con Gadifer de La Salle en 1404. El valle de Betancuria fue el primer asentamiento de la isla. Desde la conquista, Betancuria se convirtió en la capital y sede de diversos órganos gubernativos, religiosos y administrativos (cabildo, juzgados, etc.). En 1593 fue prácticamente arrasada por una invasión berberisca, siendo destruida la Iglesia Catedral de Santa María de Betancuria, aunque fue reconstruida años después. A partir del siglo XIX, Betancuria fue perdiendo progresivamente poder a favor de otros núcleos de población (gracias a su desarrollo económico), como Pájara, La Oliva, Antigua o Puerto de Cabras. Finalmente en 1834 perdería la capitalidad de la isla. Actualmente es el municipio menos poblado de Canarias.
Uno de los pueblos más bonitos de Fuerteventura, de la que fue capital. Destaca por sus bonitas calles que adorna con preciosos balcones floridos y que al final conducen a la preciosa ermita de Nuestra Señora de la Peña. Consiste en un pequeño templo dentro del término municipal de Betancuria. Tiene cierto prestigio porque en ella se venera a una diminuta imagen, de alabastro, que representa a la Virgen María, conocida como la Virgen de la Peña (La Peñita) que es la patrona de Fuerteventura.
