El municipio se encuentra situado en la zona oeste de la Comunidad, a unos 39 km de Madrid limitando con el municipio de Brunete y Villanueva de la Cañada al Este, Navalagamella al Oeste, Valdemorillo al Norte y Villanueva de Perales al Sur. Está situado dentro de la comarca denominada ",Cuenca del Guadarrama",. Aproximadamente la mitad del término municipal de Quijorna está protegido dentro de la denominada zona de protección: Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) Tiene una extensión de 25,7 km2 y una altitud aproximada de 573 m.
