Pedrajas de San Esteban se localiza en el extremo suroriental de la provincia de Valladolid, limitando por el sur con la provincia de Segovia. Pertenece a la comarca de Tierra de Pinares. Su término municipal limita con los de Íscar, Megeces, Alcazarén, Olmedo y Villaverde de Íscar. Al norte del núcleo urbano se localizan los campos de cultivos y las eras (explanadas donde se realiza la trilla del cereal y el secado de las piñas), y los páramos calizos. Al sur se encuentran los pinares donde predomina el pino albar o piñonero y el pino negral. A Pedrajas se accede desde Alcazarén y Valladolid por la VP-1104, desde Villaverde de Iscar, Coca y Segovia por la VP-1104, desde Íscar y Cuéllar por la CL-112 y desde Olmedo, Medina del Campo y Madrid por la CL-112. Los pedrajeros reivindican la construcción de la variante CL-112 que desviaría también el tráfico de la VP-1104 en el tramo dirección a Alcazarén.