La población de Checa se situa en el sudeste de la provincia de Guadalajara, enclavado en un valle, flanqueado por dos altos cerros, el Picorzo y Pedro Maza, y un hermoso pinar que se conoce como dehesa de La Espineda.

Geográficamente se sitúa en la parte castellana del Sistema Ibérico, más concretamente en la zona de contacto entre la sierra de Albarracín y la serranía de Cuenca. Desde 1998 forma parte del Parque Natural del Alto Tajo, por lo que su riqueza natural, en cuanto a flora y fauna se refiere, es muy diversa y rica.

El territorio está surcado por los ríos Cabrillas, Hoz Seca y Tajo. Las elevaciones medias oscilan entre 1600 y 1 800 m, destacando: El Mojón Blanco con 1792 m, alto de las Molederas con 1576 m, cerro Saya Parida con 1587 m, Sumidero del Cubillo con 1446 m. Otro accidente geográfico a destacar es la cueva del Tornero.

El clima es de tipo mediterráneo húmedo, los veranos son de corta duración y frescos, y los inviernos muy duros (en el invierno de 1952 se registraron 28 º bajo cero)