San Miguel de Aguayo es un municipio de la comunidad autónoma de Cantabria, España. Se encuentra en la comarca de Campoo-Los Valles y limita al norte con Molledo y Bárcena de Pie de Concha, al sur con Campoo de Yuso, al oeste con Pesquera y Santiurde de Reinosa y al este con Luena. Por su territorio discurre el río Hirvienza, afluente del río Besaya y también se encuentran los embalses de Mediajo y Alsa, que represa al río Torina.