En el año 2004, se comunicó a los funcionarios del Ministerio de Asuntos Exteriores, su traslado de forma provisional a las Torres Ágora, situadas en la zona norte de Madrid, abandonando el palacio de la Plaza del Marqués de Salamanca, situada en el barrio del mismo nombre.
El motivo fundamental fue debido a emanaciones de naftaleno producidas por un material utilizado en el revestimiento del tejado y cuyos gases producían picores en las mucosas y en la piel, enrojecimiento, náuseas y mareos. Después de minimizar el impacto que estos gases habían tenido en los trabajadores de las plantas superiores, la ministra Ana Palacio ordenó de forma inmediata y sin esperar a los resultados sobre la situación, el traslado de todo el Ministerio.
En un principio el traslado a las Torres Ágora, tendría una duración nunca superior a cuatro años, hasta que se reconstruyera el edificio de la Plaza del Marqués de Salamanca, protegido por el Patrimonio Nacional, y con la posibilidad de ganar cuatro plantas de altura más que las actuales. Los actuales propietarios de los edificios fueron en un principio Colonial y actualmente IBA Capital.
Desde aquellas fechas, han pasado por el Ministerio, el señor Moratinos, la señora Jimenez y el señor García-Margallo, ninguno de ellos han comenzado las obras. La sede del Ministerio se encuentra en un estado de completo abandono. La adjudicataria de las obras de rehabilitación y reforma del edificio es Tragsa y la fecha de comienzo de las obras era desde finales de 2014 hasta febrero de 2015 como fecha máxima. La licencia de obras no se solicitó por parte de Tragsa hasta el mes de septiembre del 2014 y es el Ayuntamiento de Madrid el que tiene que dar el paso para el comienzo del proyecto, muy complicado dada la naturaleza del edificio al gozar de la máxima protección que le otorga el Patrimonio Nacional. Si se hubieran cumplido los plazos establecidos para las obras, sobre el año 2017, el palacete volvería a albergar a los 1.200 funcionarios del Ministerio de Asuntos Exteriores. Ahora deberán de esperar hasta una fecha aún desconocida.
El despropósito ha tenido un coste de 120 millones de euros en concepto de alquiler de los edificios de las Torres Ágora, unos 8 millones de euros mensuales, aunque la cifra no se ha hecho pública como tal y sólo especulamos. Los gastos en rentas del Ministerio se multiplican por 15 después de abandonar el palacio de la Plaza del Marqués de Salamanca.